Odeljenje održavanja i zaštite puteva Niš prostire se na 4.543,462 km državnih puteva I i II reda. na teritorijama Braničevskog, Pomoravskog, Borskog, Zaječarskog, Raškog, Rasinskog, Nišavskog, Topličkog, Pirotskog, Jablaničkog i Pčinjskog okruga.
Bavi se pripremom za izradu planova programa održavanja državnih puteva I i II reda i prati njihovu realizaciju.
Odgovorno je za kvalitetno održavanje puteva u skladu sa Zakonom o javnim putevima, odobrenim programom i obezbeđenim sredstvima i za izvršenje radova po programu za održavanje i zaštitu puteva. Odeljenje sarađuje sa predstavnicima inspekcije, lokalne samouprave i MUP-a, a takođe vodi računa o izvršenju radova na održavanju i zaštiti puteva po nalozima MUP-a i inspekcijskih organa. Takođe se obavljaju poslovi pribavljanja potvrda o prijemu tehničke dokumentacije i upotrebne dozvole, učestvuje na tenderima za izbor izvođača na održavanju i zaštiti puteva; predlažu se deonice za projektovanje, periodično održavanje puteva.
U odeljenju se vrše poslovi: zaštite putnog zemljišta (utvrđivanjem vlasništva i prikupljanjem podataka o zauzeću putnog zemljišta koji se dostavljaju nadležnoj službi JP "Putevi Srbije"), organizuje i prati aktivnosti na geodetskom utvrđivanju granice putnog zemljišta, vrši kontrolu ispunjenja uslova iz odobrenja za priključenje na javne puteve, učestvuje u poslovima eksproprijacije i rešavanja imovinsko pravnih odnosa.